Em Setembro de 2007, quatro meses após o desaparecimento de Maddie, os seus pais Kate e Gerry McCann foram apontados entre os principais suspeitos pelos investigadores portugueses. A hipótese é que eles tenham encenado um sequestro e depois escondido o corpo da filha. A Sra. McCann relatou uma oferta para concordar em admitir o encobrimento da morte de sua filha, em troca de uma sentença mais curta.
Além da frente judicial, havia também a frente mediática, o que provavelmente foi ainda pior para os pais de Maddie. O casal foi, de facto, sujeito a uma dura campanha mediática em que a sua culpa era quase certa.
Os investigadores portugueses do caso Maddie McCann voam para Londres para pedir desculpa à família
Só no ano seguinte é que a polícia portuguesa começou a dar alguns passos atrás. Inicialmente tiraram a investigação do então empresário Gonçalo Amaral. No entanto, o detetive não desistiu e escreveu um livro no qual afirmava que os McCann estavam envolvidos no desaparecimento de sua filha. Os pais intentaram uma ação por difamação, que foi rejeitada pelo Supremo Tribunal português. O casal apelou posteriormente para o Tribunal Europeu dos Direitos Humanos, mas não teve sucesso.
Mais de 15 anos depois, a polícia portuguesa admite a gestão incorrecta da investigação inicial ao desaparecimento de Madeleine. Assim, para pedir desculpa, uma delegação de altos funcionários da PJ viajou de Lisboa para Londres para se encontrar com Gerry McCann, pai de Madeleine.
